Tobias Petri

E-Mail:	petri * at * bio.ifi.lmu.de
PGP:	public key
Telefon:	+49-89-2180-4042
Adresse:	Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik Institut für Informatik Ludwig-Maximilians-Universität München
	Amalienstr. 17, 80333 München
Raum:	4-08, 4. Etage

Forschung

Subnetzwerk- und Pathwayidentifikation
Bos taurus relevante Systembiologie
Expressionsdaten Analyse
Maschinelles Lernen und Biologische Anwendungen
Graph Kerne

Lehre

Ich bin immer auf der Suche nach motivierten und engagierten Studenten für Abschlussarbeiten, Forschungs-Projekte und Praktika.

SS 2013	Vorlesungen und Übungen, Perlen der Bioinformatik
WS 2012/13	Vorlesungen und Übungen, Perlen der Bioinformatik
WS 2012/13	Betreuung und Organisation des Programmierpraktikum Bioinformatik
SS 2012	Betreuung und Organisation des Netzwerkanalyse und Expressionsdaten Praktikums
WS 2011/12	Betreuung des Proseminars Proseminar Bioinformatik I/II
WS 2011/12	Betreuung und Organisation des genomorientierten Praktikums
WS 2011/12	Betreuung und Organisation des Programmierpraktikum Bioinformatik
SS 2011	Betreuung und Organisation des Programmierpraktikum Bioinformatik
WS 2010/11	Übungsleitung, Algorithmische Bioinformatik II
WS 2010/11	Betreuung und Organisation des genomorientierten Praktikums
WS 2010/11	Betreuung und Organisation des Programmierpraktikum Bioinformatik
SS 2010	Übungsleitung, Algorithmische Bioinformatik I
WS 2009/10	Betreuung und Organisation des genomorientierten Praktikums
WS 2009/10	Betreuung und Organisation des Programmierpraktikum Bioinformatik
SS 2009	Betreuung und Organisation des Master-Praktikums Expressionsdaten Analyse
WS 2008/09	Betreuung und Organisation des genomorientierten Praktikums
WS 2008/09	Betreuung und Organisation des Programmierpraktikum Bioinformatik
SS 2008	Betreuung und Organisation des Master-Praktikums Expressionsdaten Analyse
WS 2007/08	Betreuung und Organisation des Programmierpraktikum Bioinformatik

Publikationen

Submitted

Papers

Martin MacGuill, Tobias Petri, Ralf Zimmer. On Risk Stratification in Intensive Care Medicine. Journal of Intensive Care Medicine, Submitted.

BibTex

2015

Papers

Tobias Petri, Stefan Altmann, Ludwig Geistlinger, Ralf Zimmer, Robert Küffner. Addressing false discoveries in network inference. Bioinformatics, vol 31, no. 17, pp. 2836-43, September 2015.

BibTex

2013

Papers

Mayuko Kurome, Ludwig Geistlinger, Barbara Keßler, Valeri Zakhartchenko, Nikolai Klymiuk, Annegret Wünsch, Anne Richter, Andrea Bähr, Katrin Krähe, Katinka Burkhardt, Krzysztof Flisikowski, Tatiana Flisikowska, Claudia Merkl, Martina Landmann, Marina Durkovic, Alexander Tschukes, Simone Kraner, Dirk Schindelhauer, Tobias Petri, Alexander Kind, Hiroshi Nagashima, Angelika Schnieke, Ralf Zimmer, Eckhard Wolf. Factors Influencing the Efficiency of Generating Genetically Engineered Pigs by Nuclear Transfer: Multi-Factorial Analysis of a Large Data Set. BMC Biotechnology, vol 13, no. 43, May 2013.

BibTex

Ronny Kramer, Simone Wolf, Tobias Petri, vonDirk Soosten, Sven Dänicke, Eva-Maria Weber, Ralf Zimmer, Juergen Rehage, Gerhard Jahreis. A commonly used rumen-protected conjugated linoleic acid supplement marginally affects fatty acid distribution of body tissues and gene expression of mammary gland in heifers during early lactation. Lipids in Health and Disease, vol 12, no. 96, 2013.

BibTex

K. Danowski, JJ Gross, K. Gellrich, T. Petri, HA Van Dorland, RM Bruckmaier, HD Reichenbach, R. Zimmer, HHD Meyer, FJ Schwarz, H. Kliem. Metabolic status and oestrous cycle in dairy cows. International Journal of Livestock Production, vol 4, no. 9, pp. 135--147, 11 2013.

BibTex

2012

Papers

Robert Küffner, Tobias Petri, Pegah Tavakkolkhah, Lukas Windhager, Ralf Zimmer. Inferring Gene Regulatory Networks by ANOVA. Bioinformatics, vol 28, no. 10, pp. 1376-1382, March 2012.

BibTex

Tobias Petri, Evi Berchtold, Ralf Zimmer, Caroline C. Friedel. Detection and correction of probe-level artefacts on microarrays. BMC Bioinformatics, vol 13, pp. 114, 2012.

BibTex

2011

Papers

Tobias Petri, Robert Küffner, Ralf Zimmer. Experiment Specific Expression Patterns. Vineet Bafna, Cenk S. Sahinalp (eds.): RECOMB 2011, Research in Computational Molecular Biology, LNBI 6577, vol 15, pp. 339-354, Springer, 2011.

BibTex

Dintner Sebastian, Anna Staroń, Evi Berchtold, Tobias Petri, Thorsten Mascher, Susanne Gebhard. Co-evolution of ABC-transporters and two-component regulatory systems as resistance modules against antimicrobial peptides in Firmicutes bacteria. Journal of Bacteriology, vol 193, no. 15, pp. 3851--3862, August 2011.

BibTex

2010

Papers

R. Küffner, Tobias Petri, Lukas Windhager, Ralf Zimmer. Petri Nets with Fuzzy Logic (PNFL): Reverse Engineering and Parametrization. PLoS One, vol 5, pp. e12807, 09 2010.

BibTex

2009

Papers

Nino Shervashidze, SVN Vishwanathan, Tobias Petri, Kurt Mehlhorn, Karsten Borgwardt. Efficient Graphlet Kernels for Large Graph Comparison. 12th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS), Clearwater Beach, Fl, USA, April, 16-18, 2009, Society for Artificial Intelligence and Statistics, 2009.

BibTex

Fabian Birzele, Gergely Csaba, Florian Erhard, Caroline C. Friedel, R. Küffner, Tobias Petri, Lukas Windhager, Ralf Zimmer. Algorithmische Systembiologie mit Petrinetzen – Von qualitativen zu quantitativen Systemmodellen. Informatik-Spektrum, vol 32, no. 4, pp. 310-319, 2009.

DOI
Journal version

BibTex

2007

Papers

K.M. Borgwardt, Tobias Petri, SVN Vishwanathan, H.P. Kriegel. An efficient sampling scheme for comparison of large graphs. Mining and Learning with Graphs, no. 1, Electronic Proceedings, 2007.

BibTex

Theses

Tobias Petri. Novel Graph Kernels for Biological Network Comparison. Diploma Thesis, Database and Information Systems/LMU München, 2007.

BibTex

Betreute Arbeiten

No items found

2015

Papers

Tobias Petri, Stefan Altmann, Ludwig Geistlinger, Ralf Zimmer, Robert Küffner. Addressing false discoveries in network inference. Bioinformatics, vol 31, no. 17, pp. 2836-43, September 2015.

BibTex

Submitted

Papers

Gergely Csaba, Evi Berchtold, Ralf Zimmer. Explaining data via networks - Gene Set Enrichment using Significant Area Search on mined regulatory relation networks. submitted, Submitted.

BibTex

2012

Papers

Tobias Petri, Evi Berchtold, Ralf Zimmer, Caroline C. Friedel. Detection and correction of probe-level artefacts on microarrays. BMC Bioinformatics, vol 13, pp. 114, 2012.

BibTex

Theses

Evi Berchtold. RELEXplain - Relation Networks Explaining Biological Processes. Master Thesis, LFE Bioinformatik / LMU München, 2012.

BibTex

2011

Papers

BibTex

2010

Theses

Evi Berchtold. Quality Check and Differential Expression Using Newly Synthesized RNA. Bachelor Thesis, LFE Bioinformatik, LMU München, September 2010.

BibTex

Submitted

Papers

Martin MacGuill, Tobias Petri, Ralf Zimmer. On Risk Stratification in Intensive Care Medicine. Journal of Intensive Care Medicine, Submitted.

BibTex

2014

Papers

Tatyana Goldberg, Maximilian Hecht, Tobias Hamp, Timothy Karl, Guy Yachdav, Nadeem Ahmed, Uwe Altermann, Philipp Angerer, Sonja Ansorge, Kinga Balasz, Michael Bernhofer, Alexander Betz, Laura Cizmadija, Kieu Trinh Do, Julia Gerke, Robert Greil, Vadim Joerdens, Maximilian Hastreiter, Katharina Hembach, Max Herzog, Maria Kalemanov, Michael Kluge, Alice Meier, Hassan Nasir, Ulrich Neumaier, Verena Prade, Jonas Reeb, Aleksandr Sorokoumov, Ilira Troshani, Susann Vorberg, Sonja Waldraff, Jonas Zierer, Henrik Nielsen, Burkhard Rost. LocTree3 prediction of localization.. Nucleic acids research, vol 42, pp. W350-5, 2014 Jul 2014.

BibTex

2011

Theses

Philipp Angerer. Model Based Data Viewing and Analysis. Bachelor Thesis, LFE Bioinformatik, LMU München, September 2011.

BibTex

2014

Papers

BibTex

2011

Theses

Uwe Altermann. Analysis of Expression Data of Tissue Mixtures. Bachelor Thesis, LFE Bioinformatik, LMU München, October 2011.

BibTex

2009

Theses

Stefan Heinisch. Integration of Textmining Priors into Structural Inference of Bayesian Networks. Bachelor Thesis, LFE Bioinformatik / LMU München, March 2009.

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2009

Mark Heron. Network Oriented Analysis of CLA Expression Data. Bachelor Thesis, LFE Bioinformatik, LMU München, November 2009.

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2010

Theses

Florian Goebels. Network Oriented Transfer of Experimental Data Between Organisms. Diploma Thesis, LFE Bioinformatik, LMU München, September 2010.

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Lebenslauf

Ausbildung
seit Nov 2007	Wissenschaftlicher Mitarbeiter, LFE Bioinformatik, LMU München
2002-2007	Studium der Bioinformatik and der LMU München und TU München, Abschluss: Diplom ("Novel Graph Kernels for Biological Network Comparison")
2001	Abitur, Luitpold-Gymnasium München
Arbeitserfahrung und Praktika
2004-2006	Wissenschaftliche Hilfskraft, LFE Bioinformatik, LMU München - Textmining und Expressionsdatenanalyse
2003-2006	Studentische Hilfskraft, Institut für Statistik, LMU München - Internetauftritt und Design
2001-2002	Grundwehrdienst (Gebirgsjäger, Bad Reichenhall) und Zivildienst in der Altenpflege des Klosters St. Anna, München
1999-2001	Praktikum bei zeros+ones, München, Internet-Agentur

Persönliches

Ich bin verheiratet und habe zwei Kinder.
Zudem interessiere ich mich für Musik und Kunst. Wann immer ich Zeit finde spiele ich Violine und beschäftige mich auch mit computer-gestützen Kompositionen. Ich bin immer auf der Suche nach interessanten musikalischen Projekten. Aktiv bin ich derzeit bei der Kirchenmusik in St. Gabriel in München.
Ich schwimme gerne und Rad- und Wandertouren genieße ich sehr.

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