Praktikum Expressionsdaten-Analyse

Ein detaillierter Zeitplan mit verlinktem Material ist auf der passwortgeschützte Seite
zu finden.

Termin	Thema	Vortragender
21.04.2009	Einführungsveranstaltung	Prof. Ralf Zimmer
29.04.2009	Expressionsdaten, Eine Übersicht	Prof. Ralf Zimmer
29.04.2009	DREAM	Tobias Petri
06.05.2009	Expressiondaten, Analyse-Verfahren	Dr. Robert Küffner
06.05.2009	Validierungsmethodik	Dr. Caroline Friedel
13.05.2009	Studentische Vorträge
20.05.2009	Studentische Vorträge
27.05.2009	Milestone A, Abnahme des Basissystems	Plenum
24.06.2009	Milestone B, Abnahme Prototypen	Plenum
25.07.2009	SEMSTERENDE	-
29.07.2009 Di, 28.07.2009	Milestone C, Abnahme Blockphasenkonzepte	Plenum
Mi, 12.08.2009	Endabnahme	Plenum

• Prof. Dr. Ralf Zimmer
• Dr. Robert Küffner
• Tobias Petri

• Grundstudium Bioinformatik (Bachelor oder Diplom)
• Bioinformatik Programmierpraktikum
• Genomorientiertes Programmierpraktikum

In diesem Fortgeschrittenen-Seminar/Praktikum werden moderne Softwareplattformen und Methoden für die Expressionsdatenanalyse vorgestellt und auf aktuelle Datensätze aus der Medizin- und Pharmaforschung angewendet. Desweiteren werden die Teilnehmer als Team in Zusammenarbeit mit Betreuern eine neuartige Methoden zur Genexpressionsanalyse entwickeln und eine entsprechende Veröffentlichung vorbereiten. Dazu werden Standardmethoden zur Daten-Präprozessierung, und -Normalisierung, Bestimmung differentiell regulierter Gene, zum Vergleich verschiedener Datensätze und Clustering von Genen und Proben, sowie LDA/PCA benutzt und verschiedene Tools für die einzelnen Schritte evaluiert. Schliesslich soll die entwickelte Methode zur Analyse eines konkreten aktuellen Expressionsdatensatzes aus der Forschung angewendet werden. Insbesondere sollen die entwickelten Projekte eine direkte Integration in die Challenges der DREAM Initiative beinhalten.

Die Veranstaltung hat drei Teile:

1. Seminar- und Methodenteil
2. Implementierung eines neuartigen Verfahrens zur Analyse von Genexpressionsdaten
3. Anwendung auf aktuelle Daten und Schreiben eines Papers

Zur Beachtung: Während des Seminarteils finden ggf. Vorträge auch Donnerstags statt um einen raschen Einstieg in die praktische Problemlösung zu finden.

Allgemein

• Bioconductor Workshops
• BioConductor Course
• Affymetrix white papers

R

• An Introduction to R
• R for Beginners
• Using R for Data Analysis and Graphics
• R Reference Card

R und Expressionsdatenanalyse

• Center for Plant Biology

Einführende Literatur

• passwortgeschützte Literatur