Thomas Bonfert

E-Mail:	bonfert * at * bio.ifi.lmu.de
Telefon:	+49-89-2180-4057
Fax:	+49-89-2180-99-4057
Adresse:	Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik Institut für Informatik Ludwig-Maximilians-Universität München
	Amalienstr. 17, 80333 München
Raum:	202 2. Etage

Forschung

Mapping of RNA-seq data
RNA decay

Software

ContextMap

RNA-seq mapping software for identifying the most likely mapping for each read based on the context of all other reads.

Lehre

SS 2016	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik: Bäume und Graphen
WS 2015	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Systembiologie
	Betreuung des Hauptseminars Aktuelle Methoden für Next-Generation-Sequencing
SS 2015	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik: Systeme und Netzwerke
WS 2014	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Systembiologie
	Betreuung des Praktikums Programmierpraktikum Bioinformatik
SS 2014	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik: Systeme und Netzwerke
WS 2013	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik II
	Betreuung des Praktikums Programmierpraktikum Bioinformatik
SS 2013	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik I
	Vorlesung und Übung, Perlen der Bioinformatik
WS 2012	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Systembiologie
	Vorlesung und Übung, Perlen der Bioinformatik
	Betreuung des Praktikums Programmierpraktikum Bioinformatik
SS 2012	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik: Systeme und Netzwerke

Publikationen

2016

Theses

Thomas Bonfert. Context-based RNA-seq mapping. PhD Thesis, LMU München, 2016.

E-Diss

BibTex

2015

Papers

Andrzej J. Rutkowski, Florian Erhard, Anne L’Hernault, Thomas Bonfert, Markus Schilhabel, Colin Crump, Philip Rosenstiel, Stacey Efstathiou, Ralf Zimmer, Caroline C. Friedel, Lars Dölken. Wide-spread disruption of host transcription termination in HSV-1 infection. Nature Communications, vol 6, no. 7126, 2015.

BibTex

Thomas Bonfert, Evelyn Kirner, Gergely Csaba, Ralf Zimmer, Caroline C. Friedel. ContextMap 2: fast and accurate context-based RNA-seq mapping.. BMC bioinformatics, vol 16, pp. 122, 2015.

BibTex

Sabine Hünten, Markus Kaller, Friedel Drepper, Silke Oeljeklaus, Thomas Bonfert, Florian Erhard, Anne Dueck, Norbert Eichner, Caroline C. Friedel, Gunter Meister, Ralf Zimmer, Bettina Warscheid, Heiko Hermeking. p53-regulated networks of protein, mRNA, miRNA and lncRNA expression revealed by integrated pSILAC and NGS analyses.. Molecular & cellular proteomics : MCP, 2015 Jul 16 2015.

BibTex

2013

Papers

Roland H. Friedel, Caroline C. Friedel, Thomas Bonfert, Roland Rad, Philippe Soriano. Clonal expansion of transposon insertions identifies candidate cancer genes in a PiggyBac mutagenesis screen. PLoS ONE, vol 8, no. 8, pp. e72338, 2013.

BibTex

Thomas Bonfert, Gergely Csaba, Ralf Zimmer, Caroline C. Friedel. Mining RNA-Seq Data for Infections and Contaminations. PloS one, vol 8, pp. e73071, Sep 2013.

BibTex

2012

Papers

Thomas Bonfert, Gergely Csaba, Ralf Zimmer, Caroline C. Friedel. A context-based approach to identify the most likely mapping for RNA-seq experiments. BMC Bioinformatics, vol 13(Suppl 6), pp. S9, 2012.

BibTex

Lisa Marcinowski, Michael Lidschreiber, Lukas Windhager, Martina Rieder, Jens B. Bosse, Bernd Rädle, Thomas Bonfert, Ildiko Györy, deMiranda Graaf, daOlivia Prazeres Costa, Philip Rosenstiel, Caroline C. Friedel, Ralf Zimmer, Zsolt Ruzsics, Lars Dölken. Real-time Transcriptional Profiling of Cellular and Viral Gene Expression during Lytic Cytomegalovirus Infection. PLoS Pathog, vol 8, no. 9, pp. e1002908, 2012.

BibTex

Lukas Windhager, Thomas Bonfert, Kaspar Burger, Zsolt Ruzsics, Stefan Krebs, Stefanie Kaufmann, Georg Malterer, Anne L'Hernault, Markus Schilhabel, Stefan Schreiber, Philip Rosenstiel, Ralf Zimmer, Dirk Eick, Caroline C. Friedel, Lars Dölken. Ultrashort and progressive 4sU-tagging reveals key characteristics of RNA processing at nucleotide resolution.. Genome research, vol 22, pp. 2031-42, 2012 Oct 2012.

BibTex

2010

Theses

Thomas Bonfert. Phylogenetic networks from multi-labeled trees. Diploma Thesis, Eberhard Karls Universität Tübingen, 2010.

BibTex

Betreute Arbeiten

2014

Theses

Yvonne Awaloff. Reconstruction of microbial transcripts from RNA-seq experiments. Bachelor Thesis, LMU München, September 2014.

BibTex

Julia Söllner. Evaluation of RNA-seq mapping methods for newly transcribed RNA measurements. Bachelor Thesis, LMU München, September 2014.

BibTex

Elisabeth Frank. Evaluation of transcript reconstruction methods for newly transcribed RNA measurements. Bachelor Thesis, LMU München, November 2014.

BibTex

Lebenslauf

Ausbildung
2004-2010	Studium der Bioinformatik an der Eberhard-Karls-Universität Tübingen, Abschluss: Diplom
1995-2004	Abitur am Graf-Eberhard-Gymnasium in Bad Urach
Arbeitserfahrung
Seit 2010	Wissenschaftlicher Mitarbeiter, LFE Bioinformatik, LMU München
2008-2010	Studentische Hilfskraft am Lehrstuhl 'Algorithmen der Bioinformatik' der Eberhard-Karls-Universität Tübingen
2008-2009	Ganztägige Arbeit am Max-Planck-Institut für Entwicklungsbiologie in Tübingen im Rahmen einer Studienarbeit
2001	Praktikant bei SAP in Walldorf

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