Algorithmische Bioinformatik II (WS 2015/16)

Aktuelle Hinweise

Die vorläufigen Ergebnisse der Nachholklausur (Punkte) sind hier zu finden. Die Klausur ist bei >= 20 Punkten bestanden. Am Fr, 06.05.2016, 13-15 Uhr, kann die Klausur eingesehen werden. Die Noten sind noch in Bearbeitung.
Die Nachholklausur findet am Di, 12.04.2016, 10 Uhr, in der Amalienstr. 17, Raum A105, statt.
Die vorläufigen Klausurergebnisse (Punkte) sind hier zu finden. Die Klausur ist bei >= 20 Punkten bestanden. Am Fr, 04.03.2016, 13-15 Uhr, kann die Klausur eingesehen werden. Die Noten sind noch in Bearbeitung.
Für die Teilnahme an der Klausur ist auch eine Anmeldung per TUMonline erforderlich (siehe
http://www.in.tum.de/fuer-studierende/bachelor-studiengaenge/bioinformatik/pruefungsanmeldung.html ).
Fristende ist in der Regel ein Tag vor der Prüfung.
Die Klausur findet Do, 04.02.2016, 10st-12 Uhr, HGB A014 statt.
Zur Vorlesung ist eine Anmeldung notwendig. Die Anmeldungsseite ist hier zu finden.
Die Vorlesung beginnt am 15.10.2015. Am Dienstag, den 13.10.2015, findet die Nachholklausur für die Algorithmische Bioinformatik I von 10-12 im Vorlesungssaal statt.

Allgemeine Informationen

Dozent:

Prof. Dr. Ralf Zimmer

Übungen:

Ludwig Geistlinger
Evi Berchtold
Markus Joppich

Umfang und Hörerkreis:

4 SWS Vorlesung + 2 SWS Übung
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik

Zeit und Ort (Lageplan des LMU Hauptgebäudes):

Di	10-12	HG A014
Do	10-12	HG A014

Übungen:

2 SWS Übung zur Vorlesung

Mi	14-16	Amalienstr. 17, SR 105
Mi	16-18	Amalienstr. 17, SR 105

Voraussetzungen

Beherrschung des Stoffs des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums.

Inhalt der Vorlesung

Die Vorlesung gehört zum Grundkanon des Bioinformatikstudiums (5. Fachsemester) und behandelt algorithmische Ansätze der Bioinformatik. Grundlegende Techniken des Algorithmenentwurfs, der Algorithmik, der Graphentheorie, der mathematischen Optimierung und Datenanalyse, sowie probabilistische Modelle und maschinelles Lernen werden eingeführt und auf Bioinformatikprobleme angewendet. Die Vorlesung ist der zweite Teil eines dreisemestrigen Zyklus. Teil I konzentriert sich auf Algorithmenanalyse sowie diskrete und kombinatorische Techniken, Teil II auf speziellere Methoden der kombinatorischen Optimierung und probabilistische Verfahren, und Teil III auf Netzwerk-Theorie und Graphalgorithmen.

Inhalte der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik II sind unter anderem: Approximative Alignments, FASTA und BLAST, Multiple-, Progressive- und Profil-Alignments, Kombinatorische Optimierung, Maximum Likelihood Schätzung, EM Algorithmus, Zufallszahlengenerierung, Monte Carlo Methoden, Markov Ketten, Random Walks, Hidden Markov Modelle.

Scheinerwerb

Für den Scheinerwerb ist eine Anmeldung zur Vorlesung und Übung notwendig. Dies gilt auch für Studenten, die bereits die Klausurzulassung aus einem früheren Semester erhalten haben.

Einen Schein erhält, wer erfolgreich an der Semestralprüfung (Klausur) teilnimmt. Die Note des Scheins ergibt sich aus der Bewertung der Klausur.

Die Semestralprüfung findet als schriftliche Prüfung statt. Voraussetzung für die Zulassung zur Klausur sind die regelmäßige Teilnahme an den Übungen und das Erreichen von 50% der Punkte aus den Übungsaufgaben.

Material

Die Folien und Übungsblätter zur Vorlesung sind hier zu finden.

Empfehlenswert ist zudem das Skript zur Vorlesung Algorithmische Bioinformatik II von Prof. Volker Heun.

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