Algorithmen auf Sequenzen (WS 2016/17)

Das bestehende Skript von Prof. Heun ist hier zu finden.

Lernergebnis: Die Teilnehmer sind in der Lage Problemstellungen auf Sequenzen für einen algorithmischen Zugang zu modellieren, die algorithmische Komplexitäat des Problems zu bestimnmen und einzuordnen, Algorithmen für die Lösung zu entwerfen und zu analysieren.

Themen: Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:

• Optimal Scoring Subsequences
• Suffix-Trees Revisited
• Repeats
• Interludium: LCA-Queries und RMQ
• Suffix-Arrays
• Genome Rearrangements

• S. Aluru (Ed.): Handbook of Computational Molecular Biology, Chapman and Hall/CRC, 2006.
• G. Fertin, A. Labarre, I. Rusu, E. Tannier, S. Vialette: Combinatorics of Genome Rearrangements, MIT Press, 2009.
• D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997.
• V. Heun: Algorithmische Bioinformatik, Skripten, 2001-2015.
• S. Kurtz: Lecture Notes for Foundations of Sequence Analysis, Chapter 4, 2001.
• E. Ohlebusch: Bioinformatics Algorithms, Oldenbusch Verlag, 2013.
• Sowie Originalliteratur (siehe Skript).