Algorithmische Bioinformatik II (WS 2016/17)

• Approximierbarkeit
• Multiple Sequence Alignment
• Probabilistic Modeling
• Hidden Markov Models

Im Laufe der Vorlesung wird eine aktualisierte detaillierte Inhaltsangabe zur Verfügung gestellt.

Die Modulprüfung besteht, wer mindestens 40% der Punkte zu den Hausaufgaben erreicht und erfolgreich an der Semestralklausur teilnimmt. Die Semestralklausur findet als schriftliche Prüfung statt.

Wer an der Modulprüfung teilnehmen will, muss sich zur Vorlesung und den Übungen bis zum 24. Oktober anmelden.

Die Semestralklausur findet voraussichtlich Ende Januar bzw. Anfang Februar statt.
Die Wiederholungsklausur findet voraussichtlich im April statt.

Es wird vorlesungsbegleitend ein Skript, zur Verfügung gestellt.

• G. Ausiello, P. Crescenzi, G. Gambosi, V. Kann, A. Marchetti-Spaccamela, M. Potasi: Complexity and Approximation: Combinatorial Optimization Problems and Their Approximability, Springer, 1999.
• H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz: Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und Komplexität, Teubner, 2003.
• R.C. Deonier, S. Tavare, M.S. Waterman: Computational Genome Analysis, Springer, 2005.
• R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson: Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 1998.
• W.J. Ewens, G.R. Grant: Statistical Methods in Bioinformatics, Springer, 2001.
• D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997.
• V. Heun: Algorithmische Bioinformatik, Skriptum, 2001-2008.
• A. Isaev: Introduction to Mathematical Methods in Bioinformatics, Springer, 2004.
• N.C. Jones, P.A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT Press, 2004.
• T. Koski: Hidden Markov Models for Bioinformatics, Kluwer Acedimics Publishers, 2001.
• I. Wegener: Komplexitätstheorie - Grenzen der Effizienz von Algorithmen, Springer 2003.