Algorithmen auf Sequenzen (WS 2007/08)

Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:

• Optimal Scoring Subsequences
• Suffix-Trees Revisited
• Repeats
• Interludium: LCA-Queries und RMQ
• Suffix-Arrays
• Genome Rearrangements

Im Laufe der Vorlesung wird eine aktualisierte Gliederung der Vorlesung zur Vorlesung zur Verfügung gestellt.

Einen Schein erhält, wer mindestens 40% der Punkte zu den Hausaufgaben erreicht und erfolgreich an der Semestralprüfung teilnimmt. Die Semestralprüfung findet je nach Beteiligung als mündliche oder schriftliche Prüfung statt. Die Art der Prüfung wird im Dezember festgelegt.
Wer einen Schein erwerben will, muss sich zur Vorlesung und den Übungen bis zum 19. November anmelden.
Die Semestralklausur fand am Dienstag, den 5 Februar 2008, 9-12, im Seminarrum 105 in der Amalienstr. 17 statt. statt.

Es wird vorlesungsbegleitend ein Skript, zur Verfügung gestellt.

• S. Aluru (Ed.): Handbook of Computational Molecular Biology, Chapman and Hall/CRC, 2006.
• H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz: Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und Komplexität, Teubner, 2003.
• D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997.
• V. Heun: Algorithmische Bioinformatik I/II/III, Skriptum, 2001-2007.
• S. Kurtz: Lecture Notes for Foundations of Sequence Analysis, Chapter 4, 2001.
• P. Pevzner: Computational Molecular Biology - An Algorithmic Approach, MIT Press, 2000.
• J.C. Setubal, J. Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing Company, 1997.
• Sowie zahlreiche Originalliteratur (siehe Skript).