Algorithmische Bioinformatik I (SS 2009)

Aktuelle Hinweise

(03.11.2009) Die nachholklausur ist korrigiert und die Ergebnisse sind hier verfügbar. Die Scheine sind voraussichtlich ab kommender Woche im Sekretariat verfügbar.
(13.10.09) Die Nachholklausur findet am 20.10.09 ab 10 Uhr s.t. im Hauptgebäude, Raum E006, statt.
Zugelassenes Hilfsmittel ist ein beidseitig handbeschriebenes DIN A4 Blatt. Fragen zur Organisation oder zum Stoff bitte an Lukas Windhager richten.
(23.09.09) Der genaue Notenschlüssel für die Klausurergebnisse sowie die Scheine werden erst nach der Nachholklausur bereitgestellt. Alle Teilnehmer mit 20 oder mehr Punkten haben die Klausur bestanden.
(03.08.2009) Klausureinsicht ist jederzeit auf Anfrage möglich.
(28.07.2009) Die Nachbesprechung der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik I findet wg. des Wetters heute 12-14 Uhr in der Amalienstr. 17, Besprechungsraum A 405 (vierter Stock) mit Kaffee/Espresso/Capuccino/etc. statt.

Die Klausur ist korrigiert und die Ergebnisse sind hier verfügbar.
(22.07.09) Die Liste der zugelassenen Teilnehmer finden Sie hier.
(21.07.09) Die Musterlösung für Blatt 11 wurde aktualisiert. Laufzeitanalyse für Aufgabe 2 fehlte.
(17.07.09) Die Foliensets XIX_2, XX_1 und XX_4 wurden aktualisiert! Die Änderungen betreffen einige Indizierungen in Grafiken und die Definition der next[] Methode im Boyer-Moore-Algorithmus (XX_1, Folie 65).
(16.07.09) Die Klausur findet am Donnerstag, den 23.7.2009, am Ort und zur Zeit der normalen Vorlesung statt.
(15.07.09) Am Mittwoch den 22.07.09 findet eine Zentralübung für beide Übungsgruppen statt. Zeit: 16-18; Ort: Theresienstr 37-41, Hörsaal B046.
Als Hilfsmittel zur Klausur ist ein beidseitig handbeschriebenes A4 Blatt zugelassen. Andere Hilfsmittel wie z.B. Taschenrechner sind nicht erlaubt und nicht nötig.
(29.05.09) Blatt 4 Aufgabe 1 a) wird nicht gewertet. Erhaltene Punkte werden als Bonus gezählt.
Das erste Übungsblatt ist online. Abgabetermin ist der 5.5.2009 vor der Vorlesung.
Die Anmeldung zur Übungs ist nun beendet. Alle Anmeldungen für Gruppe 3 gelten nun für Gruppe 2.
Die Übungen beginnen in der Woche vom 4.-8. Mai. Das erste Übungsblatt wird am 28.4. ausgegeben und ist am 5.5. abzugeben. Die Bearbeitung und Abgabe der Übungen soll in 2er Teams erfolgen.

Allgemeine Informationen

Dozent:

Prof. Dr. Ralf Zimmer

Übungen:

Dr. Caroline Friedel

Dr. Orland Gonzalez

Lukas Windhager

Umfang und Hörerkreis:

4 SWS Vorlesung + 2 SWS Übung
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik

Zeit und Ort ( Lageplan des LMU Hauptgebäudes):

Di	10-12	HG D Z003 (searchable map)
Do	10-12	HG A016 (searchable map)

Übungen:

2 SWS Übung zur Vorlesung

Mi	16-18	Amalienstr. 17, SR 105
Fr	12-14	Amalienstr. 17, SR 107

Voraussetzungen

Beherrschung des Stoffs des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums der ersten drei Semester.

Inhalt der Vorlesung

Die Vorlesung behandelt folgende Themen:

Methoden zum Entwurf von Algorithmen
Methoden zur Analyse von Algorithmen
String Matching
Suffix-Bäume
Sequence Alignment, Multiple Alignment
und weitere Themen

Scheinerwerb

Wer einen Schein erwerben will, muss sich zur Vorlesung und den Übungen bis zum 24. April anmelden.

Einen Schein erhält, wer erfolgreich an der Semestralprüfung (Klausur) teilnimmt. Die Note des Scheins ergibt sich aus der Bewertung der Klausur.

Die Semestralprüfung findet als schriftliche Prüfung statt. Voraussetzung für die Zulassung zur Klausur sind die regelmäßige Teilnahme an den Übungen und das Erreichen von 50% der Punkte aus den Übungsaufgaben.

Die Semestralklausur findet am letzten Vorlesungstermin des Semesters im Hörsaal statt

Die Wiederholungsklausur findet am ersten Vorlesungstermin Algorithmische Bioinformatik II im vorgesehenen Hörsaal statt.

Übungsblätter

Übungsblatt	Exercise sheet	Abgabe bis	Dateien
Blatt 1	Assignment 1	5.5.2009
Blatt 2	Assignment 2	12.5.2009	mss_test.txt
Blatt 3	Assignment 3	19.5.2009
Blatt 4	Assignment 4	26.5.2009
Blatt 5	Assignment 5	3.6.2009
Blatt 6	Assignment 6	16.6.2009
Blatt 7	Assignment 7	23.6.2009
Blatt 8	Assignment 8	30.6.2009	tsp_matrix.txt
Blatt 9	Assignment 9	7.7.2009	cando.txt noluck.txt bigweights.txt manyweights.txt
Blatt 10	Assignment 10	14.7.2009	pdp.test
Blatt 11	Assignment 11	21.7.2009	Musterlösung Blatt 11

Material

Folien zur Vorlesung sind hier zu finden.

Empfehlenswert ist zudem das Skript zur Vorlesung Algorithmische Bioinformatik I aus dem vorigen Jahr von Prof. Volker Heun.

Literatur zur Vorlesung

S. Aluru (Ed.): Handbook of Computational Molecular Biology, Chapman and Hall/CRC, 2006.
H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz: Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und Komplexität, Teubner, 2003.
P. Clote, R. Backofen: Computational Molecular Biology - An Introduction, Wiley, 2000.
R.C. Deonier, S. Tavare, M.S. Waterman: Computational Genome Analysis, Springer, 2005.
R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson: Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 1998.
D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997.
V. Heun: Algorithmische Bioinformatik, Skriptum, 2001-2008.
N.C. Jones, P.A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT Press, 2004.
D.W. Mount: Bioinformatics - Sequence and Genome Analysis, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001.
P. Pevzner: Computational Molecular Biology - An Algorithmic Approach, MIT Press, 2000.
J.C. Setubal, J. Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing Company, 1997.
M.S. Waterman: Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences, and Genomes, Chapman and Hall, 1995.

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