Programmierpraktikum Bioinformatik (WS 2016/17)

Aktuelle Hinweise

Aus organisatorischen Gründen ist eine Anmeldung zur Teilnahme am Programmierpraktikum bis zum 31. Juli 2016 nötig.

Projektphase während der Vorlesungszeit:

20.10. – 22.12.

Do 12-14

CIP-Pool, Amalienstr. 17
Details siehe unter Projektphase

Blockveranstaltung:

20.02.–24.02., 9ct–13	B004, Theresienstr. 39
20.02.–24.02., nachmittags	CIP-Pool, Amalienstr.17
25.02.–10.03., ganztägig	CIP-Pool, Amalienstr.17

Praktikumswebseite

Zum laufenden Programmierpraktikum gibt es eine interne Praktikumswebseite, die die Aufgaben, Folien, Literaturhinweise und weitere Informationen für die Teilnehmer enthält (noch nicht verfügbar).
Für das Spieleprojekt gibt es eine eigene interne Spielewebseite.

Anmeldung

Aus organisatorischen Gründen ist eine Anmeldung zum Programmierpraktikum bis zum 31. Juli 2016 erforderlich.

Voraussetzungen

Umgang und Programmierung unter Unix/Linux Systemen sowie Programmierkenntnisse in Java und Perl, wie sie im ersten Studienjahr durch aktive praktische Erfahrungen im Programmieren zu erwerben sind, werden vorausgesetzt.

Um zum Blockteil der Veranstaltung zugelassen zu werden, ist für alle Teilnehmer die erfolgreiche Teilnahme am Projekt während der Vorlesungszeit notwendig. Die Details werden noch bekannt gegeben.

Ziel des Programmierpraktikums

Nach dem Programmierpraktikum sollen die Teilnehmer einen guten Einblick in webbasierte Bioinformatikanwendungen und die derzeit vorherrschend dazu eingesetzte Infrastruktur und Tools haben und eigenständig neue Applikationen benutzergerecht entwickeln und präsentieren können.

Inhalt

Im Praktikum werden Bioinformatik-Anwendungsprogramme, Infrastruktur- und Programmierwerkzeuge zu einer Basisarbeitsumgebung für die Bioinformatik integriert. Dabei werden Basiskenntnisse in allen drei Bereichen

Bioinformatikanwendungen
Betriebssystem, Web, Datenbanken, Skripting, und
Programmierung

vermittelt und eingesetzt. Als Bioinformatik Anwendungungsprogramme werden Tools wie Blast, Fasta, Rasmol, ... verwendet. Einige neue Tools der Arbeitsumgebung werden im Praktikum in Java oder Perl implementiert. Die Programme werden über eine Webschnittstelle angesprochen und die Ergebnisse der Programme ebenfalls per Webbrowser visualisiert. Zur Implementierung und Integration werden Perl und Java unter Linux, MySql und HTML/XML eingesetzt.

Projektphase während der Vorlesungszeit

In der Vorlesungszeit werden im Rahmen eines kleinen Projekts (Computerspiel) die Software-Kenntnisse in Java aufgefrischt. Das erfolgreiche Bestehen dieses Projekts ist Voraussetzung für die Zulassung zum Blockteil.

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