Algorithmische Bioinformatik I (SS 2010)

• Entwurf und Analyse von Algorithmen
• String Matching
• Suffix-Bäume
• Sequence Alignment
• Fragment Assembly

Im Laufe der Vorlesung wird eine aktualisierte Gliederung der Vorlesung zur Vorlesung zur Verfügung gestellt.

Einen Schein erhält, wer mindestens 40% der Punkte zu den Hausaufgaben erreicht und erfolgreich an der Semestralprüfung teilnimmt. Die Semestralprüfung findet als schriftliche Prüfung statt.

Wer einen Schein erwerben will, muss sich zur Vorlesung und den Übungen bis zum 27. April 12 Uhr anmelden.

Die Semestralklausur findet am Dienstag, den 27. Juli um 13 Uhr im Hörsaal M118 im Hautgebäude der LMU statt.

Die Wiederholungsklausur findet am Mittwoch, den 13. Oktober um 14 Uhr im Seminarraum A105 in der Amalienstr. 17 statt.

Das Skript wird vorlesungsbegleitend aktualisiert.

• S. Aluru (Ed.): Handbook of Computational Molecular Biology, Chapman and Hall/CRC, 2006.
• H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz: Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und Komplexität, Teubner, 2003.
• P. Clote, R. Backofen: Computational Molecular Biology - An Introduction, Wiley, 2000.
• R.C. Deonier, S. Tavare, M.S. Waterman: Computational Genome Analysis, Springer, 2005.
• R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson: Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 1998.
• D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997.
• V. Heun: Algorithmische Bioinformatik, Skripten, 2001-2009.
• N.C. Jones, P.A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT Press, 2004.
• J.C. Setubal, J. Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing Company, 1997.
• M.S. Waterman: Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences, and Genomes, Chapman and Hall, 1995.