Hauptseminar Bioinformatik (SS 2009)

Aktuelle Hinweise

Die erste Vorbesprechung ist spätestens drei Wochen vor dem Vortragstermin mit dem jeweiligen Betreuer zu halten. Ein Folienentwurf soll hier bereits vorliegen. Die fertigen Folien müssen eine Woche vor dem Vortrag vorgelegt und besprochen werden. Anderenfalls kann kein Vortrag mehr gehalten werden.

Allgemeine Informationen

Dozent:

Betreuer:

Zeit und Ort:

12-14

Amalienstr. 17, A105

Beschreibung:

Dieses Hauptseminar beschäftigt sich mit aktuellen Problemen und Fragestellungen der Bioinformatik. Dazu werden aktuelle Veröffentlichungen aus verschiedenen Themenbereichen herangezogen. Ziel ist eine detailierte und kritische Auseinandersetzung mit den in wissenschaftlichen Publikationen vorgestellten Methoden und Ergebnissen. Aus diesem Grund wird sich jeder Vortrag in diesem Hauptseminar mit jeweils mindestens zwei aktuellen Publikationen befassen mit dem Ziel die darin vorgestellten Ansätze, Methoden und Ergebnisse einer kritischen Evaluation zu unterziehen.

Themen und Einteilung

Themenblock: Complex Networks

27.04.2009

Vortragende/r: Reisig (CoRef: Ullher)
Thema: PPI Network Topology

Paper:

Han, J. J.; Dupuy, D.; Bertin, N.; Cusick, M. E., Vidal, M. Effect of sampling on topology predictions of protein-protein interaction networks. Nat Biotechnol, 2005, 23, 839-44.
Friedel, C. C., Zimmer, R. Inferring topology from clustering coefficients in protein-protein interaction networks. BMC Bioinformatics, 2006, 7, 519.

Betreuer: Caroline Friedel

04.05.2009

Vortragende/r: Krompass (CoRef: Arnold)
Thema: Protein Complexes

Paper:

Pu, S.; Vlasblom, J.; Emili, A.; Greenblatt, J., Wodak, S. J. Identifying functional modules in the physical interactome of Saccharomyces cerevisiae. Proteomics, 2007, 7, 944-960.
Friedel, C.C.; Krumsiek, J.; Zimmer, R.. Bootstrapping the Interactome: Unsupervised Identification of Protein Complexes in Yeast. RECOMB 2008, LNBI 4955.

Betreuer: Caroline Friedel

Themenblock: Alternative Splicing

11.05.2009

Vortragende/r: Schwienbacher (CoRef: Reisig)
Thema: The influence of alternative splicing on protein structures

Paper:

Birzele F, Csaba G, Zimmer R. Alternative splicing and protein structure evolution. Nucleic Acids Res. 2008 Feb;36(2):550-8.
Michael L. Tress et al. The implications of alternative splicing in the ENCODE protein complement. Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 Mar 27;104(13):5495-500.

Betreuer: Ralf Zimmer

18.05.2009

Vortragende/r: Scharf (CoRef: Auer)
Thema: The regulatory code of alternative splicing

Paper:

Matthew Fagnani et al. Functional coordination of alternative splicing in the mammalian central nervous system Genome Biology 2007, 8:R108
Zefeng Wang and Christophar B. Burge. Splicing regulation: From a parts list of regulatory elements to an integrated splicing code RNA 2008, 14:802-813

Betreuer: Ralf Zimmer

Themenblock: miRNA target prediction/mass spectrometry

25.05.2009

Vortragende/r: Ullher (CoRef: Krompass)
Thema: miRNA target prediction

Paper:

Lin He, Gregory J.Hannon. MicroRNAs: Small RNAs with a big role in gene regulation. Nature Reviews Genetics, 2004, 5, 522 - 531.
Brennecke J, Stark A, Russell RB, Cohen SM. Principles of microRNA target recognition. PLoS Biol, 2005, 3(3): e85.
Busch A, Richter AS, Backofen R. IntaRNA: efficient prediction of bacterial sRNA targets incorporating target site accessibility and seed regions. Bioinformatics, 2008, 24(24), 2849-2856.

Betreuer: Florian Erhard

08.06.2009

Vortragende/r: Andor (CoRef: Ströle)
Thema: Mass spectrometry

Paper:

Colinge J, Bennett KL. Introduction to computational proteomics. PLoS Comput Biol 2007, 3(7): e114 .
Ong SE, Mann M. Mass spectrometry-based proteomics turns quantitative. Nat Chem Biol 2005, 1:252-262.
Cox, J. and Mann, M. MaxQuant enables high peptide identification rates, individualized p.p.b.-range mass accuracies and proteome-wide quantification. Nature Biotechnology 2008, 26, 1367 - 1372 .

Betreuer: Florian Erhard

Themenblock: Network Inference and Applications

15.06.2009

Vortragende/r: Auer (CoRef: Schwienbacher)
Thema: Network Reconstruction

Paper:

D Marbach, T Schaffter, C Mattiussi, D Floreano. Generating Realistic in silico Gene Networks for Performance Assessment of Reverse Engineering Methods. Journal of Computational Biology. To appear, 2009
Bleakley, K., Biau, G., and Vert, J.-P. . Supervised reconstruction of biological networks with local models. Bioinformatics, 23(13), i57-i65.

Betreuer: Tobias Petri

22.06.2009

Vortragende/r: Ströle (CoRef: Thomma)
Thema: Subnetwork Detection in Molecular Interaction Networks

Paper:

Dittrich MT, Klau GW, Rosenwald A, Dandekar T, Möller T. Identifying functional modules in protein-protein interaction networks: an integrated exact approach. Bioinformatics. 2008 Jul 1;24(13):i223-31.
Sohler F, Hanisch D, Zimmer R. New methods for joint analysis of biological networks and expression data. Bioinformatics. 2004 Jul 10;20(10):1517-21.

Betreuer: Tobias Petri

Themenblock: Systems Biology

29.06.2009	Vortragende/r: Thomma (CoRef: Scharf) Thema: Analysis of Metabolic Networks Paper: Schwartz JM, Kanehisa M. Quantitative elementary mode analysis of metabolic pathways: the example of yeast glycolysis. BMC Bioinformatics. 2006 Apr 3;7:186 . Betreuer: Lukas Windhager
06.07.2009	Vortragende/r: Arnold (CoRef: Andor) Thema: Modelling of Signal Transduction Pathways Paper: Sackmann A, Heiner M, Koch I. Application of Petri net based analysis techniques to signal transduction pathways. BMC Bioinformatics. 2006 Nov 2;7:482. Betreuer: Lukas Windhager

Material

Folien zur Vorbesprechung: 090209_HS_Vorbesprechung.pdf

Literatur

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