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Programmierpaktikum: Teilnehmer-Seite (WS2008)
This content is available in German only.
Aktuelle Hinweise
Aufgrund der Ausfälle des NFS-Servers am Wochenende wurde die Abgabe
von Aufgabenblatt 3 auf Dienstag, den 24.2. 9:00 festgelegt.
Aufgabenblatt 4 wird im Laufe des Montags verfügbar sein.
Aufgrund des Streiks am Freitag wurde die Abgabe von Aufgabenblatt 4 auf
Mittwoch, den 4.3. 9:00 festgelegt.
Ergebnisse
Abnahme und Präsentation
Die technische Abnahme findet innerhalb der Gruppen in der Innenstadt
(Seminaraum 105) sowie in Garching (Seminarraum) jeweils am Mittwoch und
Donnerstaf statt.
Die Gruppen sollten
bei der technischen Abnahme eine kleine (5-10
minütige) Präsentation vorbereiten, die im Wesentlichen beschreibt,
was die Gruppe gemacht hat,
wer die einzelnen Teile implementiert
hat und
wie die Programme implementiert und designed wurden.
Technische Abnahme Innenstadt
Technische Abnahme Garching
Mittwoch, 9:00, SR 105
Gruppe 0
Mittwoch,10:00
Gruppe 9
Mittwoch, 11:00 SR 105
Gruppe 2
Mittwoch,13:00
Gruppe 8
Mittwoch, 14:00, SR 105
Gruppe 4
Mittwoch, 15:00
Gruppe 7
Mittwoch, 16:00, SR 105
Gruppe 6
Donnerstag, 11:00, SR 105
Gruppe 1
Donnerstag, 14:00, SR 105
Gruppe 3
Donnerstag, 16:00, SR 105
Gruppe 5
Die Präsentationen im Plenum finden am Freitag im Seminarraum 105
(Amalienstrasse) und am Donnerstag in Garching statt. Bei der Präsentation am
Freitag sollte vor allem der Server anhand von Beispielen interaktiv
vorgestellt werden, insbesondere sollten Alleinstellungsmerkmale demonstriert
werden. Folien sind dabei nicht erforderlich. Die Server-Präsentation sollte
etwa 10 Minuten dauern (in Garching etwa 25 Minuten).
Präsentation (SR 105)
Präsentation (Garching)
Freitag, 11:00
Gruppe 0
Donnerstag, 10:30
Gruppe 7
Freitag, 11:15
Gruppe 1
Donnerstag, 11:00
Gruppe 8
Freitag,11:30
Gruppe 2
Donnerstag,11:30
Gruppe 9
Freitag, 11:45
Gruppe 3
Freitag, 12:00
Pause
Freitag, 12:15
Gruppe 4
Freitag, 12:30
Gruppe 5
Freitag, 12:45
Gruppe 6
Freitag, 13:00
Abschlussbesprechung
Freitag, 14:00
Ende
Stundenplan für die erste Woche
Theresienstr. 39, Hörsaal B139,
ab Dienstag im B138 .
Zeit
Mo
Di
Mi
Do
Fr
9ct
Organization / Introduction Perl II Databases: JDBC & DBI Sequence Alignment Secondary Structure Prediction
11ct
Perl I HTML / HTTP & CGI / Perl Tools and Biological Databases Validation
Aufgabenblätter
Die finalen Abgabeverzeichnisse werden von den Betreuern kopiert und unter
*.fin in den Gruppenverzeichnissen abgelegt.
Folien
Gruppenverzeichnisse und Gruppenkennungen
Die Gruppenkennung für die Gruppe x (für x aus
0,...,9) lautet bpw08_x .
Das Heimatverzeichnis der Gruppe x lautet
/home/proj/BIMSC/proj/lmu/bioprakt/progpraktx/ .
Das Heimatverzeichnis des Programmierpraktikums lautet
/home/proj/BIMSC/proj/lmu/bioprakt/ .
Der Wechsel in eine andere Gruppe erfolgt mit dem Kommando
newgrp (siehe man newgrp ).
Rechnerspezifika
BIMSC Weitere Infos zum BIMSC-Cluster unter:
www.bioinformatik-muenchen.de/studium/students/bim-compute-cluster
HOME Das home ~<login> auf bimsc ist im CIP-Pool unter
/home/proj/BIMSC/home/<login> gemounted.
Am besten legt man sich einen Link im CIP-Pool auf sein BIMSC-Home
an.
Gruppen-HOME Das Heimatverzeichnis der Gruppe x lautet
/home/proj/BIMSC/proj/lmu/bioprakt/progpraktx/ .
Die Gruppenkennung für die Gruppe x (für x aus
0,...,9) lautet bpw08_x .
newgrp (siehe man newgrp ).
Solution<x> im
Gruppenhome müssen der eigenen Praktikims-Gruppe bpw08_x
gehören!
Praktikumsverzeichnis Das Praktikumsverzeichnis lautet
/home/proj/BIMSC/proj/lmu/bioprakt sowohl auf BIMSC als auch im
CIP-Pool.
Bioinformatik-Software Spezielle Bioinformatik-Software für das Praktikum liegt unter
/home/proj/BIMSC/proj/lmu/software
Bioinformatik-Daten Spezielle Bioinformatik-Datenbanken für das Praktikum liegt unter
/home/proj/BIMSC/proj/lmu/bioprakt/Data
CGI-Server: Auf BIMSC sind bimsc0[3-7] als CGI-Server eingerichtet.
Am besten verwendet Gruppe x den CGI-Server bimsc0(3+x%5).
~<login>/public_html abgelegt
werden und Rechte 755 besitzen. Die Logfiles sind unter
/var/log/apache2/ verfügbar.
MySQL-Datenbanken: Auf bimscs1 liegt eine MySQL-Datenbank. Jede Gruppe bekommst
für diese einen eigenen login mit Passwort zugeteilt.
Literatur
Allgemeine Dokumentation
CIP-Pool des Instituts
für Informatik der LMUs
Unix
Tutorial 1 Tutorial 2
Java
java.sun.com BoKu Wien Java Schulung
Perl
Perldoc Tutorial
HTML
selfhtml W3C HTML resources
HTTP
W3C HTTP resources
Databases: MySQL
Manual (lokal ,
extern )
SQL Tutorial
Tools
gnuplot (lokal ,
extern )
Rasmol Manual Chimera Manual HMMer Manual make (lokal ,
extern )
CVS (extern ,
lokal )
Paper/Original Literature
Prediction of secondary
structure f proteins - Chou, Fasman GOR method for predicting
secondary structure from amino acid sequence - Garnier, Gibrat,
Robson GOR V - method: extension of
GOR to multiple alignments - Garnier et al. A model of evolutionary change
in proteins - Dayhoff, Schwartz, Orcutt A general method applicable to
the search for similarities in the amino acid sequences of two
proteins - Needlman, Wunsch An improved algorithm for
matching biological sequences - Gotoh Identification of common
molecular subsequences - Smith, Waterman Contemporary approaches to
protein structure classification - Swindells, Orengo, Jones,
Hutchinson, Thornton A modified definition of SOV,
a segment based measure for protein secondary structure prediction
assessment - Zemla, Venclovas, Fidelis, Rost Improved profile-profile
alignment via log average scoring - vonÖhsen, Zimmer Fast protein fold recongnition
via sequence to structure alignment and contact capacity potentials
- Alexandrov, Nussinov, Zimmer How to fold graciously -
Levinthal Calculation of conformational
ensembles from potentials of mean force - Sippl New scoring schemes for
protein fold recognition based on Voronoi contacs - Zimmer,
Wöhler, Thiele Protein Secondary Structure
Prediction Based on Position-Specific Scoring Functions -
Jones
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