Proseminar Bioinformatik (WS 2009/10)

Aktuelle Hinweise

Die individuellen Vorbesprechungstermine sind alle festgelegt.

Allgemeine Informationen

Dozent:

Volker Heun

Zeit und Ort:

12-14

Amalienstr. 17, A107

Termine

Mit Vorbesprechung ist in der folgenden Terminliste der letztmögliche Termin für die Vorbesprechung gemeint. Wer sich bis dahin nicht mit seinem Betreuer in Verbindung gesetzt hat, kann keinen Vortrag mehr halten.

19.10.	Volker Heun Einführungsveranstaltung Folien (Download freischalten)
26.10.	Michael Bernhofer Thema (1): String Matching: Knuth-Morris-Pratt and Boyer-Moore Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 13.10.09 (14:00) Ausarbeitung (Download freischalten)
02.11.	Manuel Kroiss Thema (2): String Matching: Shift-And and Karp-Rabin Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 15.10.09 (15:00) Ausarbeitung (Download freischalten)
09.11.	Julian Lemke Thema (3): Suffix Trees: Simple Algorithm and Applications Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 26.10.09 (15ct) Ausarbeitung (Download freischalten)
16.11.	Philipp Angerer Thema (4): Textcompression: Burrow-Wheeler-Transformation Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 02.11.09 (nach dem Proseminar) Ausarbeitung (Download freischalten)
23.11.	Oliver Hilsenbeck Thema (5): Algorithmic Concepts for Sequence Alignment Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 10.11.09 (16st) Ausarbeitung (Download freischalten)
30.11.	entfällt Thema (6): Algorithmic Concepts for Searching in Biological Databases Betreuer: Volker Heun
07.12.	My Nguyen Ly Thema (7): Partial Digest Problem Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 24.11.09 (12st)
14.12.	Adriaan Bernstein Thema (8): Sequence Assembly Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 30.11.09 (nach dem Proseminar) Ausarbeitung (Download freischalten)
21.12.	Daniel Bader Thema (9): Genome Rearrangements Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 07.12.09 (nach dem Proseminar) Ausarbeitung (Download freischalten)
12/09, 01/10:	Weihnachten/Neujahr/Heilige Drei Könige
18.01.	Andreas Veit Thema (10): Evolutionary Trees: Character-Based Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 21.12 (nach dem Proseminar)
25.01.	Alexandru Buftea Thema (11): Evolutionary Trees: Distance-Based Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 11.01.10 (14:00) Ausarbeitung (Download freischalten)
01.02.	Tobias Sander Thema (12): RNA Structure Prediction Betreuer: Volker Heun Vorbesprechung: 11.01.10 (15:30) Ausarbeitung (Download freischalten)
08.02.	Abschlussbesprechung

Literatur

Detaillierte Themenliste mit Literaturangaben

Hinweise

Allgemeine Hinweise des Veranstaltungsleiters zu Seminaren. Es wird dringend empfohlen diese zu lesen und zu beachten.
Ian Parberry's Speaker's Guide (Hinweise zum Halten von wissenschaftlichen Vorträgen, insbesondere in der theoretischen Informatik).
Es empfielt sich die Ausarbeitung in LaTeX zu setzen, da dies eigentlich das einzige bekannte Satzsystem ist, mit dem man auch größere Texte und insbesondere mathematische Formeln bequem handhaben kann. Hierfür gibt es ein Beispiel und die dazugehörige LaTeX-Datei, die weitere Informationen enthält (Die folgende PostScript-Datei wird zur Demonstration ebenfalls benötigt). Ein Online-Kochbuch zu LaTeX ist ebenfalls verfügbar.

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